各キャラページを参照。
条件を揃えて出現したこんとんに触れることでキャラストーリーに移行する。
霧が出ているエリアにはこんとんが出現する。

基本的には
回想→わからないところ→エリア→？？？（パズル）→回想→エリア→？？？（パズル）→回想→エリア→回想→？？？(最深部)
という流れ。
わからないところから下に進めば校舎に戻ることができる。

パズル部屋ではあきそらに話しかけることで
・自力で解く
・パズルの解説＆ヒントを聞いて自力で解く
・パズルの解説＆ヒントを聞いて実際の問題を一緒に解く（その後自力で操作しないとクリア扱いにはならない）
・解説無しで解いてもらう
の選択肢を取ることができる。

パズルの失敗と最深部での選択肢でシーン視聴。
ただし、シーン視聴には特定のアイテム所持などが条件の場合がある。

ストーリークリア後はキャラに話しかける→心の中に入るで再訪できる。
その時ははなすで帰還・最深部へ移動を選択できる。
ただし、最深部にいる状態でさらに深く潜るを選択するとはなすが使用不可になるバグが発生する。
その場合、分からないところから校舎に帰還する必要がある。

クリア後の追加要素や特定のキャラを連れて行った場合に入手できるアイテムがある。
また最深部にいるこんとんに触れることでシーン回想、および未入手シーンの回収ができる。